بحلول التسعينيات من القرن الماضي، كانت قبة الصخرة المشرفة قد تضررت مرّة أخرى من الداخل والخارج بفعل الظروف البيئية وقنابل الصوت التي تطلقها القوات الإسرائيلية بشكل متكرر. في عام 1992، باع الملك الحسين بيته في لندن بقيمة 11.636 مليون دولار أمريكي ليتمكن من تغطية كلفة إعمار قبة الصخرة المشرفة في عام 1994. وبموجب تعليمات الملك الحسين، استعانت وزارة الأوقاف والشؤون والمقدسات الإسلامية الأردنية بخبرات محترفة لإعادة تصفيح وتكسية قبة الصخرة المشرفة بحوالي 1200 صفيحة من النحاس والنيكل مطلية بالذهب عيار 24 قيراط، وإعادة بناء دعائم السطح، وصيانة الأساسات، وحماية القبة من الداخل ضد الحرائق.