تحمل المقدسات الإسلامية والمسيحية في القدس أهمية بالغة لدى جلالة الملك عبدﷲ الثاني. واستمراراً في الالتزام الملكي برعايتها، أسس جلالة الملك عبدﷲ الثاني الصندوق الهاشمي لإعمار المسجد الأقصى المبارك وقبة الصخرة المشرفة بموجب قانون جديد صدر في عام 2007.

وشملت مشاريع الإعمار الهاشمي بالمسجد الأقصى في عهد جلالة الملك عبدﷲ الثاني: إكمال أعمال ترميم منبر صلاح الدين الذي دُمِّر في حريق عام 1969؛ إذ أعيد ترميم المنبر في مشغل بجامعة البلقاء التطبيقية وأعيد إلى القدس عام 2007، وتصفيح الأسطح الغربية لأروقة المسجد الأقصى وأسطح جامع النساء ومشروع المتحف الإسلامي (2004-2007)، وترميم أجزاء كبيرة من الحائطَين الجنوبي والشرقي للمسجد الأقصى المبارك خلال الأعوام 2003-2008، وترميم الأبواب والشبابيك والفَرش والإضاءة وأنظمة الصوت، وترميم سبيل قايتباي وسبيل قاسم باشا وقبة السلسلة وعدد كبير من أسبلة المسجد الأقصى ومصاطبه وقبابه، وترميم الأعمال الفنية وإعادة الرخام الداخلي لجدران قبة الصخرة المشرفة، وترميم الزخارف الفسيفسائيّة والجصّيّة (2016-2018).

وفي موازاة حماية المقدسات الإسلامية، مارس الأردن جهوداً لحماية الوجود المسيحي في القدس ورعاية الأماكن المقدسة المسيحية فيها، فقد وجّه جلالة الملك عبدﷲ الثاني عام 2016 بترميم القبر المقدس في كنيسة القيامة بالقدس على نفقته الخاصة، وفي عام 2017 قام الصندوق الهاشمي لإعمار المسجد الأقصى المبارك وجهاز الإعمار الهاشمي في أوقاف القدس بترميم كنيسة الصعود الواقعة على جبل الزيتون بتوجيه ملكي.

كما تبرّع جلالة الملك بجزء من القيمة المالية لجائزة تمبلتون التي تسلّمها عام 2018 لإنجاز أعمال الترميم الشامل لكنيسة القيامة بالقدس، بينما تبرّع بباقي قيمة الجائزة لدعم الجهود الإغاثية والإنسانية ومبادرات إرساء الوئام بين أتباع المذاهب والأديان في الأردن وحول العالم. وتم إنجاز المرحلة الأولى المتمثلة بترميم القبر المقدس (2016-2017)، والمرحلة الثانية المتمثلة بتبليط وترميم بلاط كنيسة القيامة (2018-2023).